La SHNM héberge plusieurs collections :
-Herbier « bleu » (constitué par plusieurs personnes au XIXe siècle)
-Herbier « rouge » (didactique, sans localités ni dates)
-Herbier FRIDRICI (Roger Fridrici, 1897-1981)
-Collection de lames d’Algues et de Diatomées d’Adrien LEMAIRE (1852-1902), don de Jean-François PIERRE (qui nous a donné également un CD-rom récapitulatif des algues de la région). Télécharger le texte de présentation de cette collection par J.-F. Pierre.
-Fond Chiroptérologique, constitué par B. Hamon et Y. Gérard
-vitrine d’oiseaux naturalisés.
-bibliothèques léguées par les membres (tout ou partie).